Ker njegova molekula vsebuje vezi N-S, Kathon izvaja svoj baktericidni učinek tako, da prekine vezi v beljakovinah bakterij in alg. Ob stiku z mikroorganizmi hitro zavre njihovo rast; ta proces inhibicije je ireverzibilen in vodi v smrt mikrobnih celic. Pred celično smrtjo mikroorganizmi, obdelani s Kathonom-, ne morejo več sintetizirati encimov ali izločati adhezivnih biofilmskih snovi. S prodiranjem v biofilm, ki se drži površine opreme sistema za hladno vodo, Kathon učinkovito nadzoruje mikroorganizme pod biofilmom.
Kot derivat izotiazolinona so bile interakcije Kathona z različnimi bakterijami obsežno raziskane. Ker je heterociklična spojina, je njen baktericidni mehanizem primarno ne-oksidativen, saj se zanaša na aktivni del heterocikla, da tvori vodikove vezi z bazami DNK v bakterijskih proteinih, se adsorbira na bakterijsko celico in s tem moti strukturo DNK, zaradi česar se ne more razmnoževati in povzroči celično smrt.
